Sejak terjadinya penggabungan CSV dan PMKI pada tanggal 9 Februari 1950, GMKI Cabang Yogyakarta sebagai salah satu dari lima cabang yang ada pada waktu itu. Pada masa awal ini, anggota GMKI Cabang Yogyakarta hanya 40 orang. Yaitu mahasiswa Kristen yang sedang menempuh kuliah di Universitas Gadjah Mada.
Selanjutnya, jumlah anggota GMKI Cabang Yogyakarta terus bertambah dan muncullah kelompok-kelompok studi yang kemudian berkembang menjadi komisariat-komisariat. Selain melakukan Pemahaman Alkitab mengkaji apa kata Alkitab tentang realitas persoalan yang di hadapi, juga mengadakan diskusi-diskusi bidang studi dan lintas bidang studi guna memperdalam pemahaman anggota. Dari hasil kajian-kajian tersebut, banyak buku yang di terbitkan untuk menjadi konsumsi umum.
Semenjak pemberlakuan NKK (Normalisasi kehidupan Kampus) dengan perangkat birokrasinya BKK (Badan Koordinasi Kemahasiswaan) tahun 1978, praktis aktivitas Kampus terlempar dari dalam kampus. Akibatnya, komisariat-komisariat yang semula ada di tiap fakultas lambat laun juga menghilang. Depolitisasi kampus ini benar-benar mempengaruhi sikap mahasiswa kristen dalam wacana OIKUMENISME dan NASIONALISME di Indonesia.
Setelah lama tidak ada aktivitas di tingkat komisariat, seiring dengan perkembangan perguruan tinggi di Yogyakarta, maka dirasakan kebutuhan komisariat mendesak untuk dihidupkan lagi. Pada kepengurusan BPC GMKI Yogyakarta periode 1992-1994, komisariat mulai dirintis lagi dengan menggunakan strategi wilayah perguruan tinggi. Pada periode 1996-1998, jumlah komisariat di lingkungan GMKI Cabang Yogyakarta terdiri dari 6 komisariat, yaitu komisariat Yohanes, Elia, Daud, Salomo, dan Komisariat Ayub.
Sekretariat (Student Centre) GMKI Cabang Yogyakarta berada di Wisma Immanuel, Samirono Baru 54, Caturtunggal, Depok, Sleman, Daerah Istimewa Yogyakarta. Pada awalnya, sekretariat ini hanya terdiri dari satu rumah kesekretariatan. Pada tahun 1978, Wisma Immanuel direnovasi dan ditambah beberapa gedung untuk pertemuan serta ruang-ruang penginapan. Sejak itu, Wisma Immanuel dijadikan sebagai Student Centre (pusat kegiatan mahasiswa).
GMKI Cabang Yogyakarta sudah tiga kali menjadi tuan rumah Kongres GMKI. Yaitu pada Desember 1953, April 1959, dan Mei 1974. GMKI Cabang Yogyakarta juga pernah beberapa kali menjadi tempat kegiatan GMKI berskala Wilayah (Jateng-DIY) dan Nasional. Hal ini tidak lepas dari potensi dan kondisi Yogyakarta sebagai kota pelajar dan cukup representatif untuk melakukan kajian ilmiah.
Berikut ini sejarah kepemimpinan GMKI Cabang Yogyakarta selama tahun 1950-2018;
Periode 1950-1952
Ketua Cabang : Drs. Radius Prawiro
Sekretaris Cabang : Natanael Daldjuni
Periode 1952-1954
Ketua Cabang : Drs. Soetrisno Martoatmodjo
Periode 1954-1956
Ketua Cabang : Ir. Sri Mulyono
Periode 1956-1958
Ketua Cabang : Anwar Siregar
Peride 1958-1960
Ketua Cabang : Slamet Prawitokusumo
Periode 1960-1962
Ketua Cabang : Prof. Dr. Salusu
Periode 1962-1964
Ketua Cabang : Dr. Ruwido Darmowigoto, MP.
Sekretaris Cabang : Dr. Sudibyo
Periode 1964-1966
Ketua Cabang : Dr. Nazanius Rumpak
Periode 1966-1968
Ketua Cabang : Prof. Dr. Ir. Kasumbogo Untung
Periode 1968-1970
Ketua Cabang : Prof. Dr. Ir. Kasumbogo Untung
Periode 1970-1972
Ketua Cabang : Drs. Hendrik Haru Hangaji
Sekretaris Cabang : Wiradinata
Bendahara Cabang : Drs. Subagyo Sukarno
Periode 1972-1974
Ketua Cabang : Dr. Sukowaluyo Mintoraharjo
Sekretaris Cabang : Drs. Agustinus Saba Kode
Periode 1974-1976
Ketua Cabang : Dr. Sukowaluyo Mintoraharjo
Sekretaris Cabang : Sabar Budi Zendrato
Periode 1976-1978
Ketua Cabang : Dr. Bambang Suratno
Sekretaris Cabang : Drs. Pieter Hutahean
Bendahara Cabang : Endang Sri Lastuti
Periode 1978-1980
Ketua Cabang : Drs. Umbu S. Pateduk
Sekretaris Cabang : Dr. Suyoto Hadi
Periode 1980-1982
Ketua Cabang : Drs. Sarwanto, MM.
(Pj. Johny Simanjuntak, SH.)
Sekretaris Cabang : Drs. Rahmat Waluyanto, M.Sc.
Periode 1982-1984
Ketua Cabang : Dr. Bambang Trenggono
Sekretaris Cabang : Sidi Widiyawan
Periode 1984-1986
Ketua Cabang : Sigit Wijayanto, SH, MS.
Sekretaris Cabang : Drs. Sinar Sebayang
Bendahara Cabang : Drs. Max Fonataba
Periode 1986-1988
Ketua Cabang : Steward G.D. Tatontos, S.Th.
Sekretaris Cabang : Dr. Hani Wardani
Bendahara Cabang : Yusuf Manai, SE.
Periode 1988-1990
Ketua Cabang : Firman Nefos Daely, ST., M.Kes
Sekretaris Cabang : Dra. Resti Andriani
(Pj. Demsi Pande Laki)
Bendahara Cabang : Budi Ismanto, SE
Periode 1990-1992
Ketua Cabang : Andaru Satnyoto, SIP.
Sekrataris Cabang : Sunardi, S.Th.
Bendahara Cabang : Dra. Leoni G.Loepoe Lisa
Periode 1992-1994
Ketua Cabang : Dwi Purnomo
Sekretaris Cabang : Simon Malo Kii, SPd.
Bendahara Cabang : Marice Simbolon, SE.
Periode 1994-1996
Ketua Cabang : Teguh Adityo Hartono Jati, S.Th.
(Pj. Helfiana Siregar, S.IP)
Sekretaris Cabang : Stepanus Makambombu, S.Kom.
Bendahara Cabang : Jenny Evelyn May, ST
Periode 1996-1998
Ketua Cabang : Stepanus Makambombu, S.Kom.
(Pj. Sukendri Siswanto)
Sekretaris Cabang : Rotua SP.Simanullang, S.Pd.
Bendahara Cabang : Frama El Lifiyana Pollo, S.Si.
Periode 1998-2000
Ketua Cabang : Antonius Doloksaribu
Sekretaris Cabang : Pratelaningsihmirmo
Bendahara Cabang : Karen Ezana
Periode 2000-2002
Ketua Cabang : Sukaryanto Robby Reppa
Sekretaris Cabang : Andes Simanungkulit
(Pj. Johanes Marbun)
Bendahara Cabang : Gilbert Samosir
Periode 2002-2005
Ketua Cabang : Ludikson Siringo-ringo
Sekretaris Cabang : Darma Tora Simamora
Bendahara Cabang : Eftimeiti Ningrum
Periode Caretaker Agustus-Oktober 2005
Ketua Cabang : Sukendri Siswanto
Sekretaris Cabang : Eli Nurcahyo Nugroho
Bendahara Cabang : Airlangga Dermawan
Periode 2005-2007
Ketua Cabang : Airlangga Dermawan
Sekretaris Cabang : Lazarus B. Kaleka
(Pj. Verdina Puspita Rani)
Bendahara Cabang : Widipraptanugraha
Periode 2007-2009
Ketua Cabang : Onesimus Panggabean. (alm)
Sekrataris Cabang : Kresna
Bendahara Cabang : Herdayani Puruhita
Periode 2009-2011
Ketua Cabang : Elyas Idie
Sekretaris Cabang : Herdayani Puruhita
Bendahara Cabang : Yohanes U.S.Anakaka
Periode 2011-2013
Ketua Cabang : Gloriansi Umbu Heingu Deta
Sekrataris Cabang : Usdariskhi Pratama Sumbayak
Bendahara Cabang : Rambu Ayu Tamu Apu
Periode 2014-2016
Ketua Cabang : Christian Apri Wijaya
Sekretaris Cabang : Defli Yuandika Ruso S.Si.
Bendahara Cabang : Anggela Imaline Tambun
Periode 2016-2018
Ketua Cabang : Alhendri Fara, S.H.
Sekretaris Cabang : Balandina Mey Howay, S.E.
Bendahara Cabang : Afni Sari Silaban
Periode 2018-2020
Ketua Cabang : Yohanes Masudede, S.H., M.H.
Sekretaris Cabang : Daniel Willy Yokom, S.E., M.Ec.Dev.
Dinamika perjalanan GMKI Cabang Yogyakarta dari periode-periode selalu mengalami pasang surut. Baik dari segi kualitas maupun kuantitas. Namun demikian, proses pengkaderan dan aksi pelayanan terus berlangsung dan berhasil menghadirkan tokoh-tokoh penting di Republik ini.
Derasnya arus perubahan di gereja, perguruan tinggi, dan masyarakat juga harus mendapat perhatian mendalam dari segenap civitas GMKI Cabang Yogyakarta. Sebab jika perubahan ini tidak diantisipasi, bisa jadi keberlangsungan organisasi ini tidak akan bisa dipertahankan.
Akhirnya segala sesuatu mari kita serahkan pada DIA, Sang Empunya Gerakan ini, sembari kita melakukan apa yang menjadi tugas dan tanggung jawab pelayanan kita masing-masing.